D'ençà dels anys noranta l'activitat investigadora i la pràctica cívica de Luigi Bobbio es van centrar sobretot en l'anàlisi dels conflictes territorials. La seva aproximació parteix del refús a les visions simplificadores que massa sovint han volgut descriure aquests conflictes com el fruit de pures pulsions egoistes (del tipus "NIMBY") o, per contra, com a l'expressió de moviments alternatius necessàriament portadors de valors universals. La interpretació de Bobbio és força més complexa i rica. Tracta d'analitzar la conflictivitat territorial a la llum d'allò que s'ha denominat "el renaixement del lloc", és a dir, el fenomen paradoxal segons el qual la integració territorial i l'abatiment de les barreres espacials, en comptes de reduir la importància del lloc, l'incrementen. Així, les actituds reactives o defensives que es produeixen davant de tantes transformacions del territori serien, en molts casos, no tant un reflex egoista sinó una mostra de la preocupació raonable per les conseqüències que, en un territori integrat, pot comportar l'especialització dels llocs en activitat indesitjables. Els conflictes reflectirien, així mateix, la pulsió que porta a bona part de la població a cercar en el lloc la identitat i el refugi necessari en un món creixentment globalitzat, governat per fluxos inintel·ligibles i sovint amenaçadors.
Segons Bobbio la forma com es produeixen els processos de presa de decisió pot tenir una importància cabdal en el sorgiment, desenvolupament i desenllaç dels conflictes territorials. La seva anàlisi en aquest camp resulta particularment interessant pel fet que no es limita als aspectes formals dels processos (com ara la informació, les garanties, las participació, etc.). Per contra, assigna un valor clau al capteniment dels poders públics, a l'orientació de les seves polítiques i a l'organització de la ciutadania. Sobre aquesta qüestió Bobbio, va escriure diversos textos que han esdevingut una referència i una guia. Entre aquests destaquen Perché proprio qui?: grandi opere e opposizioni locali (1999, amb Alberico Zeppetella) i A più voci. Amministrazioni pubbliche, imprese, associazioni e cittadini nei processi decisionali inclusivi (2004). A més, lluny de defugir el compromís, va voler-se implicar personalment en diversos processos de negociació i mediació, plagats d'obstacles i dificultats de tota mena.
A Catalunya, l'obra de Luigi Bobbio va resultar particularment influent en la primera dècada d'aquest segle, com a aportació útil per tal de refutar l'existència d'allò que en aquells anys s'havia anomenat "La cultura del No". La col·lecció d'assajos Aquí, no! Els conflictes territorials a Catalunya (2003) s'inspirava, en bona mesura, en els seus plantejaments. Els anuaris de la Societat Catalana d'Ordenació del Territori (iniciats l'any 2003 i esdevinguts avui l'Observatori de projectes i debats territorials de Catalunya) bevien també en part de la metodologia concebuda per Bobbio. En aquells mateixos anys, la Direcció General de Participació Ciutadana, encapçalada per Joaquim Brugué, va publicar la guia De l'Aquí, no! a l'Així, sí!. Orientacions per a planificar polítiques amb impacte territorial (2007), que es recolzava així mateix en els postul·lats del politòleg torinès.
